Для того, чтобы включить .htaccess в Apache2, надо отредактировать  /etc/apache2/sites-available и называется 000-default.conf (по-умолчанию, если на сервере один сайт).

<Virtualhost *:80>
        ServerAdmin admin@site.com

        DocumentRoot /var/www

        <Directory /var/www>
                Options Indexes FollowSymLinks MultiViews
                AllowOverride All
                Order allow,deny
                allow from all
        </Directory>
</Virtualhost>

Перезагружаем apache:

service apache2 reload

Всё. Теперь Ваш  .htaccess работает в любой под директории /var/www

Ключевым параметром в данном случае является AllowOverride All. Также можете найти и поправить секцию Directory в /etc/apache2/apache2.conf.